Bitwa na Zalewie Wiślanym zakończyła się całkowitą klęska Zakonu Krzyżackiego. Krzyżacy utracili kontrolę na lewym brzegu Wisły. Rokowania pokojowe zakończone podpisaniem układu w Toruniu w 1466 r., który podzielił ziemie krzyżackie na Prusy Królewskie i Prusy Krzyżackie, a Wilki Mistrz Zakonu zobowiązany został do złożenia przysięgi na wiernośc królowi polskiemu. Układ zawarty w Toruniu oznaczał wyzwolenie spod jarzma krzyżackiego i okres 300 lat panowania polskiego.